Резервных копий много не бывает!
Системы контроля версий кода позволяют вести журнал доработок сайта, с точностью до строчки файла, что очень удобно в условиях длительного развития сайта и в случае смены подрядчика. Каждая правка внесенная в код сайта будет учтена и задокументирована.
Сервис Amazon S3 позволяет хранить данные резервных копий сайта практически любых размеров, без привязки к текущему серверу. Это хороший вариант для больших проектов. Amazon S3 используют Dropbox, Ubuntu One, Twitter.